Tháng 5 năm Sùng Trinh thứ 12 (1639), Trương Hiến Trung ở Cốc Thành dựng lại cờ khởi nghĩa, nghĩa quân nhanh chóng đánh tan quân Minh ở Cốc Thành, giết chết Huyện lệnh Nguyễn Chi Điền và Tuần án ngự sử Lâm Minh Cầu, bức hàng Giám quân đạo Trương Đại Kinh và Mã Đình Bảo,Từ Khởi Tộ; phá hủy tường thành, cướp kho phá ngục. Trước khi rời khỏi Cốc Thành, Trương Hiến Trung đem danh sách quan viên trên dưới lớn nhỏ đòi ông phải đút lót, rành rành về số tiền và thời gian, chép lên tường vách trong ngoài thành, để trăm họ thấy được sự hủ bại của triều đình.

Trương Hiến Trung lại nổi dậy, La Nhữ Tài, Mã Thủ Ứng cũng nổi lên hưởng ứng, đến Cốc Thành hội họp với ông. Lý Tự Thành đang ẩn náu trong núi Thương Lạc cũng dựng cờ gióng trống, vượt huyện Vân, Hồ Bắc, tiến vào Hà Nam.

Hùng Văn Xán nghe tin nghĩa quân lại nổi dậy, lập tức điều Tả Lương Ngọc đưa đại binh đến tiễu trừ. Đại quân của Trương Hiến Trung mai phục ở núi La Hầu, phía tây huyện Phòng, phái một đội quân ra đánh, giả vờ thua chạy, dẫn dụ quan quân vào núi. Phục binh vây đánh, hơn 1 vạn quan quân tan rã, La Đại bị bắt sống, Tả Lương Ngọc vứt bỏ mũ giáp mà chạy trốn, quân phù ấn tín đều thất lạc. Vua Sùng Trinh nổi giận, cách chức rồi giết chết Hùng Văn Xán, giáng Tả Lương Ngọc 3 cấp, cho theo quân chuộc tội. Tiếp theo, Sùng Trinh phái Đại học sĩ, Binh bộ thượng thư Dương Tự Xương làm đốc sư, tổng đốc nắm quyền chỉ huy việc tiễu trừ nghĩa quân.

Dương Tự Xương đến Tương Dương, lại dùng đến các kế sách "4 đích", "6 cạnh", "10 mặt giăng lưới", tập hợp 10 vạn quân, tăng tiền lương lên 280 vạn, truyền hịch cho tướng lĩnh trấn thủ các phủ Hà Nam, Tứ Xuyên, Thiểm Tây, Vân Dương, ngăn giữ các nơi hiểm yếu, nhiệm vụ chủ yếu là tiễu trừ Trương Hiến Trung và Lý Tự Thành. Ban đầu, Trương Hiến Trung không nắm nắm được tình huống, liên tiếp gặp thất lợi, vô cùng bị động. Về sau thông qua tình báo, ông biết rõ tình hình của quan quân, bèn thuyết phục La Nhữ Tài, kết hợp 2 cánh quân, tăng cường lực lượng của nghĩa quân. Họ "dĩ tẩu chế địch", "tị thật kích hư", dùng chiến thuật thoát ẩn thoắt hiện đối phó với quan quân. Đồng thời, Trương Hiến Trung cũng tăng cường công tác tình báo, phái nhiều binh sĩ lanh lợi cải trang làm những người buôn bán nhỏ, thám thính tin tức khắp nơi. Trăm họ cũng thường báo cho nghĩa quân những động hướng của quan quân, còn dẫn đường cho họ. Nhờ nắm bắt địch tình, nghĩa quân hành động nhanh chóng, khiến quan quân trở tay không kịp. Nhưng rốt cục nghĩa quân vẫn nằm trong vòng vây của quan quân, nguy cơ bị tiêu diệt vẫn còn đó. Trương Hiến Trung biết rằng muốn phá tan kế sách của Dương Tự Xương, cần phải thoát ra ngoài.